Þó að frysta - þurrkun ávexti og grænmeti hefur marga kosti hvað varðar að viðhalda áferð, bragði og næringargildi, þá eru líka nokkrir helstu gallar. Upphaflegur kostnaður og margbreytileiki nauðsynlegs búnaðar er ein helsta hindranir. Frystþurrkunarvélar þurfa verulega upphafsfjárfestingu vegna mikils kostnaðar við innkaup og viðhald. Að auki geta orkuþörf þessara búnaðar aukið framleiðslukostnað og haft neikvæð áhrif á heildar arðsemi frystþurrkunar.
Næmt eðli frystþurrkunarferlisins sjálfur er með annan erfiðleika. Ávextir og grænmeti eru frosin vandlega og vatnsinnihaldið er síðan slegið undir lágum þrýstingi. Til að tryggja gæðu fullunnunnar vöru þarf þetta nákvæmlega ferli vandlega reglugerð um þrýsting og hitastig. Sérhver brottför frá kjörum aðstæðum getur leitt til þess að næringarinnihald, bragð eða áferð tapist. Ennfremur getur það tekið nokkrar klukkustundir að klára málsmeðferðina, sem gæti takmarkað getu framleiðslunnar.
Annað aðalatriðið í frystþurrkandi ávöxtum og grænmeti er að halda uppbyggingu þeirra. Þegar vatnið er fjarlægt úr ákveðnum framleiðsluhlutum geta þeir orðið viðkvæmari fyrir skemmdum eða burðarvirkni. Til að tryggja að framleiðslan geti lifað frystingu - þurrkun án þess að tapa tilætluðum eiginleikum, eru strangt val og fyrirfram - meðferð nauðsynleg. Til dæmis, til að viðhalda lit og áferð við þurrkun, gæti þurft að vera ávöxtur og grænmeti að vera blöndur eða fá andoxunarmeðferð.
Ef frystþurrkunin er ekki framkvæmd í sæfðu andrúmslofti er einnig hættan á örverufræðilegri mengun. Jafnvel þó að hættan á örveruvöxt minnki mjög með því að fjarlægja vatn, geta mengunarefni sem voru til staðar við upphaf aðgerðarinnar samt verið hættuleg. Þannig að búa til öruggar og yfirburða frysta - þurrkaðar vörur þarf að viðhalda hreinu og stjórnuðu andrúmslofti.
